«اشتهای سیریناپذیری برای فراگرفتن دروس و فهم مطالب در خود مشاهده میکردم.» این جملهی سید علی دربارهی دوران طلبگیاش است. علاقه و استعداد او موجب شد دروس مقدمات و سطح را به جای 10 سال، در عرض پنج سال و نیم به اتمام برساند. آیتالله سید جواد خامنهای از مجتهدین صاحبنظر مشهد با اینکه فرزندان دیگرش هم حوزوی بودند فقط به سید علی و آن هم در سن 14-15 سالگی گفت: «تو مجتهدی و قدرت استنباط داری.» سید در سن هفده سالگی، درس خارج یعنی عالیترین سطح دروس حوزوی را آغاز کرد. آن زمان در حوزهی مشهد هیچ کس نبود که در این سن درس خارج را شروع کند. بعد از مدتی برای ادامهی تحصیل به قم رفت و در آنجا نزد اساتیدی همچون امام خمینی(ره)، آیتالله بروجردی و علامه طباطبایی درسش را ادامه داد. جالب آن که همهی این فعالیتهای علمی، در کنار مبارزات گسترده علیه رژیم بود.