آیت‌الله خامنه‌ای همواره مقیدند که در سفرهای رسمی و غیررسمی به قم، برای زیارت به حرم حضرت معصومه سلام‌الله‌علیها بروند. سال‌ها پیش ایشان در دفتر یادبود حرم مطهر حضرت معصومه سلام‌الله‌علیها یادداشتی به یادگار گذاشته‌اند: «السّلام علیکم یا أهلَ بَیتِ النّبوة و مَوضِعِ الرّسالَة، السّلام عَلَیکِ یا قُرّةَ عَین آلِ الرّسُولِ (صلوات‌الله‌علیه‌وآله‌وسلّم) حقّ بزرگِ این سرچشمه‌ی نور و هدایت که یکی از ثمرات آن، تشکیل حوزه‌ی علمیه‌ی عظیم‌الشأن در سایه‌ی این بقعه‌ی مبارک است، چنان عظیم است که زبان و قلمِ چون من حقیر و ناتوانی را رساییِ بیان آن نیست. خداوند شما و همه‌ی متمسکین به ذیل ولایت رفیعه‌ی اهل بیت وحی و فضیلت را موفق به أدای این وظائف بدارد. اینک حرم مطهّر و بیوتات مطهّره‌ی اطراف آن، بحمدالله از وضع شایسته‌تری نسبت به گذشته برخوردار است و وسعت و نظافت و ابهت و انتظامی بیش از گذشته دارد. این رشته‌ی بهسازی باید ان‌شاءالله ادامه یابد و به‌موازات آن صفا بخشیدن به فضای معنوی و روحی و امکان انتفاع از هدایت الهی در این مکان مقدس نیز باید مورد توجه و اهتمام باشد. خداوند روح مقدس امام بزرگوار را که روحی در همه‌ی تلاش‌های گذشتگان دمید، به عالی‌ترین درجات نائل فرماید و شما آقایان عزیز را حفظ کند. سیّدعلی خامنه‌ای ۷۲/۷/۳»